Den første forskningsenhed for almen praksis blev grundlagt i 1978 i København. Formålet med etableringen var at styrke forskningen på det almenmedicinske område og deltage i udviklingen af faget som et akademisk speciale.
I 1992 blev forskningsenheden i Aarhus oprettet, og i 1993 fulgte åbningen af forskningsenheden i Odense. Forskningsenheden i Aalborg blev oprettet i 2015 og er i dag en del af Center for Almen Medicin ved Aalborg Universitet. En satellitenhed blev oprettet i Esbjerg i foråret 2022 i tilknytning til forskningsenheden i Odense.
Siden ansættelsen af de første medarbejdere i 1992, er forskningsenheden vokset betydeligt. Enheden har mange års erfaring med epidemiologisk og klinisk forskning og har udviklet en stærk tradition for at anvende registre og spørgeskemaer. I takt med at enheden er blevet mere tværfaglig, benytter forskerne i stigende grad også en række kvalitative forskningsmetoder.